なんだよー作戦失敗だぁ

「レジストリをいじらないソフト」と「レジストリを利用するソフト」の違いって、設定が前者は(一般的には)iniファイルで後者はレジストリだ。

ごくごく小さいiniファイルって、実はクラスタを１つ分無駄に消費してしまうので、特に近頃のファイルシステムだとiniファイルが多くなればなるほどディスクの無駄になる。
でも、(たいていは)ソフトと同じところに設定ができるので、「設定の移行とかが楽」というメリットがある。

ちなみにiniファイルを使う方法はWindows3.1までの「以前の」方法。

レジストリはWindows共通のデータベース。
だからクラスタを無駄に消費することはない。ないが、設定がレジストリに書かれると言うことで、項目を削除しても実際は同じ項目の内容をゼロとかにして追記しているだけなので、レジストリのサイズが小さくなるわけではなくどんどん肥大化していく。(サイズを小さくする方法があるにはあるが、ちょっと敷居が高い。で、もしかするとこれが嫌われる原因なのかとも思う)

設定がレジストリに書かれるので移行する場合設定を何らかの方法(メモやファイルへのエクスポート)で記録しておくしかない。親切なソフトには設定を記録する項目が設けられていたりするが。

レジストリ/iniファイルのどちらを使おうが、どちらにもメリット・デメリットがあるし、ソフトや最悪システムがクラッシュするときはする。それに「レジストリに書くから重い」ということはない。

まあ、レジストリ/iniファイル以外に %userprofile%\Application Data(普通はC:\Documents and Settings\(ユーザー名)\Application Data)の下にも設定が作られるソフトがある。これの位置づけはよく知らん。